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在古龍寺內還有一座三縣衙門，就是三個縣聯合辦公機構。原來，黃龍溪屬華陽縣管，與仁壽縣、彭山縣接壤，屬“三不管”的地帶，社會治安問題十分突出，匪患不斷。于是清政府便在黃龍溪設立了總爺衙門，由三縣縣令輪流坐莊，處理轄區內的日常事務。其職責有三：一是民事管理，二是社會治安管理，三是管理澤被三縣、灌溉萬畝良田的古佛堰。民國時期總爺衙門改稱三縣衙門，由三縣派員輪渡當值，駐有兵力在此，設有團防。
三縣衙門很小，呈長方形，就像個四合院，分為正門、照壁、大堂、簽押房等。門口就像普通人家的門口一樣，只不過門口處放著一面鼓，升堂時先要擊鼓。門口兩側是副對聯：黃龍鉆山伸出龍爪抱雞翅，白馬臨江勒轉馬頭望虎巖；門口上方的“三縣衙門”四個大字寫得還算可以，多少增添了些衙門的氣息。在門口負責收費的楊兆全是三縣衙門文管所的工作人員。楊兆全說，門口的這副對聯包含了六個地名，這些地名至今還有，這也是三縣衙門的管轄范圍。
